“对比数据出来了吗？”“马上，十分钟。”凌晨三点，长沙市疾控中心微生物检验科的实验室依然灯火通明，新冠病毒基因测序工作正紧密开展。如果说核酸检测回答了“是否感染了新冠病毒”这个问题，那么基因测序就能够准确锁定感染的新冠病毒属于哪个“分型”，从病原学的角度更准确地认定病毒的来源，为流调溯源提供最真实的证据。
自新冠疫情发生以来，长沙市疾控中心投入320余万，引进二代、三代测序设备，培育基因测序队伍，打造了一支平均年龄不到30岁，全部由党员和入党积极分子组成的先锋队伍，以奉献精神，不舍昼夜地奋战在实验室；以科研精神，精益求精地对待每一份标本。
让基因“说话”，三代测序追根溯源
疫情以来，随着精准化防控的深入开展，“基因测序”一词越来越常被提及，除了核酸检测，大家也更多关注起样本基因测序的结果。疫情源头在哪里?除了流调，还有没有更加简便精准的方法来确定传播链条？这些问题都要借助基因测序的力量一一解开。那新冠病毒的基因测序工作是如何开展的呢？
新冠病毒基因测序是对阳性病例鼻咽拭子标本中新冠病毒核苷酸序列的获取。这种基因测序技术是基于纳米孔的三代基因测序，从而能够在较短时间内获得新冠病毒的全基因组序列，结合流行病学资料，第一可以判断新冠病毒疫情的感染来源，第二可以对多个病例感染的病毒基因进行测序，判断是否为同一传播链，从而为疫情防控方案的制定提供重要依据。这项技术已经成为目前新冠病毒溯源分型的主要手段。
黄政（图右）、朱杰（图左）在做测序准备
不同于核酸检测是为了发现病例，基因测序是为了对发现的病例进一步进行流行病学分子溯源，协助现场流行病学调查查找感染源头和传播链条。哪些阳性病例与传播链条相关？来源于哪个地方？譬如可以判断为外省或外地输入病例，甚至可以根据核苷酸突变的情况判断为本地病例的二代传播、三代传播。简单的说，病毒基因测序用于流行病学的分子溯源调查，相当于病毒的“亲子鉴定”。
基因测序技术的发展从一代、二代测序，发展到目前的三代测序。其中长沙市疾控中心实验室使用的三代测序，和二代测序相比，测序时间从二代测序的36-48小时缩短到12小时内。三代基因测序技术的运用，缩短了流调溯源时间，为疫情防控措施的制定节约了宝贵的时间和资源，有利于更精准的防控，减轻对社会和经济的压力。
三代测序仪
用结果“溯源”，分秒必争一锤定音
国庆节前后，团队共对35份样本开展了三代测序，新冠病毒基因测序技术在此轮疫情防控中发挥了重要作用。结合流行病学调查，精准判断多起感染来源和传播链条，如外省货车司机输入病例、外省旅游返长旅客等感染来源精准判断、以及同一传播链判断；如经过流行病学调查发现外省输入病例和病例A只有时空交集，并没有确切的视频等资料显示他们共同暴露于同一环境中，但是通过我们的三代基因测序发现外省输入病例和病例A的病毒基因序列高度同源，判断他们为同一传播链，进一步为流行病学调查指明了方向。
基因测序项目组3名骨干人员在承担繁重的新冠核酸日常检测工作之余，一旦本市出现新冠阳性病例，项目组马上对阳性样品启动三代基因测序，测序工作往往在后半夜进行，不分昼夜，分秒必争，绝大多数三代基因测序分析结果在凌晨3点以后发出，项目组人员国庆期间基本泡在实验室，“白加黑、连轴转”精准检出的溯源结果，为长沙市输入病例提供感染来源和传播链分析的数据支撑，发挥了实验室的“一锤定音”作用。
以成果“说话”，年轻力量崭露头角
作为骨干成员的黄政，是中心党支部的委员。2020年新冠疫情期间，黄政持续奋战一线、主动攻坚克难，因表现特别优异，成为了2020年唯一一名火线入党的党员。
生物专业出身的他，不仅在检测方面不断提升自己的专业技能，还跨界自学计算机《perl语言编程》。2020年，黄政将编程技术成功应用到自己的日常工作中，研发了流感、禽流感二代基因测序数据的分类分析程序，成功申请了著作权，为人流感、禽流感疫情的快速鉴定和溯源处置提供了技术支撑，也为政策许可下其他新发传染病病原体二代测序分析平台的建立打下基础。
2022年9月，长沙市疾控中心以第一作者单位在国际顶刊《柳叶刀-微生物》发表论著《人感染甲型H3N8禽流感病毒与病毒溯源研究》，影响因子86.2，而黄政，也正是这篇论文的作者之一。
入党积极分子张玉娟、朱杰作为中心微生物检验科的一员，自2019年搭建高通量测序分析平台以来，在新冠、流感、禽流感等新发传染病病原体等领域广泛开展了基因测序研究，取得了多项研究成果。每次一个通宵熬下来，科室主任让他们快点回去休息，他们总是说，“抗疫是大事，舍小家顾大家是疾控人的本分！”
在长沙疾控，还有很多像他们一样的80后、90后青年，他们弘扬伟大抗疫精神，担起一线核酸检测重任，扛起流调溯源排查重责，守护机场站厅重要防疫关口……，用行动向党组织靠拢，在抗疫一线接受党组织的考验。
总 编：刘 艳
责 编：李 莎
供 稿：王 涵
出 品：长沙市疾病预防控制中心
粤公网安备44030502000004号
